La plus grande partie du PNKB est recouverte par des différents types des forêts et se retrouve dans les forêts du bassin du Congo. Le Parc figure dans le Centre de la diversité floristique WWF/UICN.
Le Parc est subdivisé en deux zones reliées par un corridor étroit : la forêt ombrophile de montagne (ou forêt afro montagnarde) d’une part et la forêt ombrophile de plaine (plantaire guinéo-congolais, type relativement humide) d’autre part. Il possède une des rares régions africaines où la transition entre ces deux types de forêt pluviale est
restée en grande partie intacte.
De l’Ouest à l’Est (de la basse altitude à la crête du mont Kahuzi), six types de végétation primaire marqués par la variation altitudinale caractérisent le Parc, à savoir :
750 – 1 400 m : forêt ombrophile de basse altitude
1 400 – 1 700 m : forêts ombrophiles de transition
1 700 – 2 400 m : forêts ombrophiles de montagne
2 400 – 2 600 m : forêts de bambous, par endroits forêts de Podocarpus
2 600 – 3 200 m : étage des bruyères
3 200 – 3 300 m : sous panorama ou étage alpin
Les forêts ombrophiles de basse altitude s’étendent dans toute la cuvette et atteignent ici l’extrémité orientale de leur distribution avec beaucoup d’exemples typiques d’espèces guinéo-congolaises.
Par contre, la végétation de hautes montagnes d’Afrique est composée presque exclusivement des groupes endémiques. C’est pourquoi certains auteurs l’appelaient «région floristique afromontagnarde insulaire ».
Cette région est composée de sept systèmes montagneux régionaux dont celui du mont Kahuzi avec des espèces endémiques locales et d’autres qui se retrouvent dans deux ou plusieurs autres systèmes montagneux.
On note la présence, dans le PNKB, de 1178 espèces de plantes répertoriées en Haute altitude ce qui en fait le troisième site en terme de richesse spécifique après les Parcs nationaux des Virunga et la forêt impénétrable de Bwindi. La flore de la basse altitude reste peu connue.
L’inventaire des espèces endémiques du Parc national de Kahuzi-Biega est loin d’être terminé, comme le démontre de nombreuses nouvelles espèces découvertes appartenant essentiellement aux familles des Balsaminaceae (6), Orchidaceae (4), Violaceae(3), Euphorbiaceae (2), Araliaceae (2), Anacardiaceae (2) et plusieurs d’autres familles avec une seule espèce déterminée (Fischer, 1995).
